Mặc dù Trịnh Kiểm là người đầu tiên lập ra dòng chúa Trịnh, nhưng cho đến lúc mất vào năm 1570, Trịnh Kiểm vẫn chưa đánh bại được nhà Mạc, khôi phục nhà Lê. Lúc này Nhà Lê vẫn ở thế yếu hơn và chỉ có được vùng đất ở Nghệ An và Thanh Hoa. Trong khi đó ở phía nam, chúa Nguyễn ngày càng hùng mạnh, nhà Mạc vẫn rất mạnh ở phía bắc và liên tục đưa quân tấn công quân Trịnh.
Trịnh Kiểm mất, con là Trịnh Tùng lên thay, chính ông là người có công lớn khôi phục nhà Lê khi đánh bại nhà Mạc ở Thăng Long, khiến nhà Mạc phải rút chạy về Cao Bằng. Các nhà phân tích cũng đánh giá Trịnh Tùng là nhân vật lịch sử đứng đầu trong số 12 đời chúa Trịnh.
Tiết chế ba quân đẩy lui đại quân nhà Mạc
Năm 1570, Trịnh Kiểm mất, con trưởng là Trịnh Cối lên thay nắm giữ quân đội. Tuy nhiên Trịnh Cối lại nhanh chóng sa vào tửu sắc không chú ý quản lý quân, khiến các tướng trụ cột bất mãn chạy về với em là Trịnh Tùng.
Trịnh Cối đưa quân tiến đánh Trịnh Tùng, nhưng Trịnh Tùng đã chuẩn bị trước nên thủ vững chắc khiến Trịnh Cối không thể làm gì phải rút lui.
Lúc này người nắm giữ binh quyền nhà Mạc là Mạc Kính Điển hay tin Nam Triều có biến liền thống lĩnh 10 vạn quân cùng 700 chiến thuyền tiến đánh Thanh Hoa. Trịnh Cối vừa lo đối phó Trịnh Tùng, lại gặp phải quân Mạc rất mạnh, liền chọn cách đầu hàng nhà Mạc.
Tình thế Nam Triều của nhà Lê lúc này rất nguy, Mạc Kính Điển là viên tướng tài giỏi bậc nhất vào lúc đó nên rất khó đối phó, vua Lê phải phong cho Trịnh Tùng làm Trường quận công, tiết chế các dinh thủy bộ, cầm quân chống lại nhà Mạc.
Trịnh Tùng tập hợp quân sĩ, lập lời thề rồi chia quân trấn giữ các vùng hiểm yếu. Mạc Kính Điển sau khi thu phục được Trịnh Cối, với một loạt trận thắng, thì đem quân tiến đến An Trường.
Tình thế nguy nan, Trịnh Tùng cho quân ban ngày phòng thủ chắc ngăn quân Mạc, ban đêm thì chia thành các cánh quân nhỏ liên tục tập kích. Mạc Kính Điển không sao phá được thế trận quân Trịnh, đến cuối năm thì phải rút về bắc.
Kiên định phòng thủ khi ở thế yếu
Suốt thời gian từ 1570 đến 1583, quân Nam Triều chỉ lo phòng thủ, quân nhà Mạc liên tục tấn công. Mạc Kính Điển tấn công Thanh Hoa, một tướng tài khác là Nguyễn Quyện lo tấn công Nghệ An. Tướng nhà Lê một số người sợ quân Mạc nên đầu hàng, Trịnh Tùng lo củng cố tinh thần toàn quân cố gắng giữ vững đẩy lui quân Mạc.
Năm 1581, tướng Mạc là Mạc Đôn Nhượng theo đường biển tiến đánh các huyện ven sông Thanh Hoa, rồi đến huyện Quảng Xương, đóng quân ở núi Đường Nang. Trịnh Tùng dẫn quân giao chiến đánh bại quân Mạc, bắt được hàng trăm binh tướng quân Mạc. Sau đó Trịnh Tùng đều tha hết cho toàn bộ số binh tướng này.
“Đại Việt sử ký toàn thư” có ghi chép rằng: “Mấy trăm người bị bắt đều cấp cho cơm áo thả về quê quán. Mọi người đều thầm cảm ơn. Từ đấy binh uy lừng lẫy. Quân Mạc không dám dòm ngó nữa, cư dân Thanh Hóa, Nghệ An mới được yên nghiệp”.
Sau năm 1583, Trịnh Tùng lấy lại thế trận, cuộc chiến Nam – Bắc triều thay đổi, nhà Mạc không còn cơ hội nam tiến nữa, quân Trịnh chủ động tấn công nhà Mạc liên tục. Lúc này trụ cột của nhà Mạc là Mạc Kính Điển đã mất, vua Mạc Mậu Hợp không lo được việc triều chính mà khoán hết việc chính sự cho các hoàng thân và các tướng trụ cột.
Đánh chiếm Thăng Long
Năm 1589, Trịnh Tùng cho quân đánh vào vùng Yên Khang, Yên Mỗ, rồi cho quân giả thua chạy vào núi Tam Điệp – nơi chuẩn bị sẵn một trận địa mai phục. Quân nhà Mạc đuổi theo, bị rơi vào trận địa mai phục và thảm bại, 600 quân Mạc bị bắt sống.
Trịnh Tùng tiếp tục cho thả hết 600 người này. “Đại Việt sử ký toàn thư” ghi: “Tiết chế Trịnh Tùng sai các tướng đem 600 quân giặc bị bắt tới nộp, sai cởi trói vỗ về yên ủi, cấp cho cơm áo rồi thả hết cho về quê quán để tỏ đức hiếu sinh. Họ hàng của quân lính bị bắt nghe thấy thế, đều đội công đức như trời đất, cảm ơn sâu như cha mẹ”.
Năm 1591 Trịnh Tùng thống lĩnh 5 vạn quân tiến đánh Thăng Long lần thứ nhất, vua Mạc Mậu Hợp vội tập hợp 10 vạn quân phòng thủ. Hai bên giao tranh lớn ở sông Hát Giang, quân Mạc thua to phải bỏ chạy.
Trước khi cho quân tiến vào Đông Kinh, Trịnh Tùng ra cáo dụ rằng: “Ta vâng mệnh đi đánh kẻ trái phép, vốn để yên dân. Các tướng nên răn cấm tướng sĩ, nghiêm ngặt nhắc lại ước thúc, chấn chỉnh đội ngũ, hiệu lệnh rõ ràng tín thực. Quân đi đến đâu, không được mảy may xâm phạm của dân, không được cướp bóc của dân lành, của cải không phải của giặc thì không được lấy”.
Sách “Việt sử thông giám cương mục” ghi:
Khi đại quân kéo đến bờ tây sông Ninh Giang, Trịnh Tùng ra ba điều buộc quân lính phải tuân giữ:
1. Không được tự tiện vào nhà dân mà hái rau, kiếm củi.
2. Không được cướp của cải, đồ vật và đẵn cây cối.
3. Không được hiếp phụ nữ và giết người vì thù riêng.
Kẻ nào vi phạm những điều cấm trên đây sẽ bị trị theo quân luật.
Ba quân nghe theo lệnh nghiêm chỉnh. Quân đi đến đâu, nhân dân vẫn an cư ở đó. Họ tranh nhau đem rượu và trâu bò đến đón quan quân.
Mạc Mậu Hợp phải chạy ra bờ bắc sông Nhị Hà tập trung quân với hơn 100 chiến thuyền, phối hợp cùng quân trấn giữ các cửa thành Thăng Long. Hai bên giao tranh suốt 2 canh giờ thì quân Trịnh chiến thắng.
Lúc này Trịnh Tùng thấy thủy quân Mạc rất mạnh, thủy quân Trịnh vẫn chưa đủ mạnh nên quyết định rút về Thanh Hoa đợi cơ hội.
Đánh bại nhà Mạc, khôi phục nhà Lê
Mùa thu năm 1592, Mạc Mậu Hợp lại âm mưu giết tướng thủy quân của mình là Đoàn Văn Khuê nhằm cướp vợ. Vợ của Khuê biết được nên báo tin cho chồng. Bùi Văn Khuê liền dẫn thủy quân đến vua Lê xin đầu quân, Trịnh Tùng đang thiếu thủy quân nên rất mừng.
Có thủy quân, Trịnh Tùng xuất quân tiến đánh. Quân Trịnh đóng quân ở núi Kẽm Trống (huyện Thanh Liêm), hợp với thủy quân của Văn Khuê thành hai hướng tiến đánh khiến quân Mạc tan vỡ. Quân Trịnh tiến đánh sông Hát, đánh đuổi quân nhà Mạc đến tận phía nam thành Thăng Long. Mạc Mậu Hợp phải chạy đến Kim Thành (Hải Dương).
Trịnh Tùng tiến binh đồng thời ra phủ dụ cấm binh sĩ xâm phạm dân chúng, vì thế mà các huyện Thuận An, Tam Đái, Thượng Hồng đều hàng phục cả. Trịnh Tùng nhiều lần mở trói cho tù binh, lại cung cấp lương thực cho họ trở về làng quê bản quán, khiến người dân Bắc hà ủng hộ quân Lê – Trịnh.
Các tướng sĩ thì đều nghĩ rằng, Trịnh Tùng đối với quân địch còn như thế, thì đối với quân mình đương nhiên sẽ rất tốt, vì thế mà hết lòng đi theo ông.
Nhờ có sự ủng hộ mà quân Trịnh tiến rất nhanh đến Kim Thành đánh bại quân nhà Mạc, bắt được Thái Hậu cùng nhiều của cải châu báu, áp tải về Thanh Hoa. Trên đường đến Thanh Hoa, Thái Hậu nhà Mạc nhảy xuống sông tự vẫn.
Lo cho dòng dõi nhà Mạc, Mạc Mậu Hợp bèn lập con là Mạc Toàn làm vua, bản thân mình tự làm tướng cố chống lại quân Trịnh.
Trịnh Tùng cho quân tấn công truy tìm Mạc Mậu Hợp ở các nơi, thu phục được nhiều huyện, quân Mạc tan rã, bỏ trốn và đầu hàng rất nhiều. Âm lịch tháng chạp năm 1593, Trịnh Tùng cho quân phá được tôn thất nhà Mạc ở xã Tân Mỹ, huyện Thanh Hà (Hải Dương). Mạc Mậu Hợp phải bỏ thuyền đi bộ, trốn đến chùa Mô Khuê ở hạt Phượng Nhỡn, giả làm nhà sư.
Có nguồn tin báo chỗ ẩn nấp của Mạc Mậu Hợp, Trịnh Tùng liền cho người đến bắt sống rồi giải về doanh trại.
Không lâu sau con của Mạc Mậu Hợp là vua Mạc Toàn cũng bị bắt. Dù tàn dư của nhà Mạc vẫn còn nhưng đứng trước sức mạnh của Trịnh Tùng, quân Mạc phải rút về Cao Bằng.
Trịnh Tùng lãnh đạo quân đội nhà Lê, từ thế yếu khi chỉ có được vùng đất Thanh Hoa, Nghệ An, lại liên tục phải phòng thủ trước sự tấn công của quân Mạc, cuối cùng đã đánh bại quân Mạc khôi phục nhà Lê.
Sử gia Phan Huy Chú đánh giá Trịnh Tùng như sau: “Ông tính khoan hậu, yêu người, khéo vỗ về tướng sĩ, đoán tình thế của giặc không sai, dùng binh như thần. Trong 20 năm kinh dinh đất nước, cuối cùng dẹp được kẻ tiếm nghịch, khôi phục nhà Lê, công trùm thiên hạ, oai lừng khắp nơi, mới được sắc phong vẻ vang, lễ đãi long trọng. Ông thực sự làm chúa cầm quyền bính, công lao sự nghiệp danh vọng lừng lẫy.” (Lịch triều hiến chương loại chí)