Năm 1795, dù đã cố can gián nhưng Ngô Văn Sở vẫn không ngăn được vua Quang Toản và Thái sư Bùi Đắc Tuyên hành hình tướng Lê Văn Hưng. Sau đó, Võ Văn Dũng bắt Bùi Đắc Tuyên, Bùi Đắc Trụ và Ngô Văn Sở khép tội mưu phản rồi đem đóng cũi dìm xuống sông Hương…
Tại Điện thờ Tây Sơn Tam kiệt trong Bảo tàng Quang Trung (huyện Tây Sơn, tỉnh Bình Định), ngoài 3 anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ, Nguyễn Lữ còn có 6 vị văn thần, võ tướng được lập tượng thờ, gồm: Thiếu phó Trần Quang Diệu, Đô đốc Bùi Thị Xuân, Đại tư đồ Võ Văn Dũng, Binh bộ Thượng thư Ngô Thì Nhậm, Trung thư lệnh Trần Văn Kỷ, Đại tư mã Ngô Văn Sở. Trong đó, Đại tư mã Ngô Văn Sở là người duy nhất chịu tội chết từ khi nhà Tây Sơn còn đang trị vì, dù ông là vị công thần hàng đầu thời hoàng đế Quang Trung.
Ngô Văn Sở người làng Bình Thạnh, huyện Tuy Viễn, phủ Quy Nhơn (nay thuộc phường Nhơn Bình, thành phố Quy Nhơn, tỉnh Bình Định). Tổ tiên ông là người ở Trảo Nha, huyện Thiên Lộc (nay là huyện Can Lộc, tỉnh Hà Tĩnh) di cư vào huyện Tây Sơn. Trong cuốn Võ nhân Bình Định, hai tác giả Quách Tấn, Quách Giao khẳng định: Năm 1773, Ngô Văn Sở được cử làm Chinh nam Đại tướng quân cùng Lê Văn Lộc, Lê Văn Hưng vào đánh chiếm 3 phủ Phú Yên, Diên Khánh, Bình Thuận. Khi Nguyễn Nhạc xưng đế, phong Ngô Văn Sở chức Đại tư mã. Lúc Nguyễn Huệ ra đánh Thuận Hóa đem theo Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân theo làm Tham tán quân vụ. Chính Ngô Văn Sở là người báo Nguyễn Huệ biết mưu phản của Võ Văn Nhậm.
Sau khi diệt được Võ Văn Nhậm, Ngô Văn Sở được Nguyễn Huệ giao trọng trách trông coi 11 trấn Bắc Hà. Nội hầu Phan Văn Lân, Chưởng phủ Nguyễn Văn Dụng, Đô đốc Nguyễn Văn Tuyết, Hộ bộ Trần Thuận Ngôn, Học sĩ Ngô Thì Nhậm đều theo Ngô Văn Sở giữ Thăng Long. Theo sách “Đại Nam chính biên liệt truyện” (quyển 30), trước khi về lại Phú Xuân, trong buổi trao quyền cho Ngô Văn Sở, Bắc Bình vương Nguyễn Huệ đã nói:
– Sở và Lân là nanh vuốt của ta. Dụng và Ngôn là lòng dạ của ta. Nhậm là bề tôi mới của ta. Nay ta lấy cái việc quân vụ và quốc chính của 11 trấn Bắc Hà ủy thác cho. Ta thuận cho theo tiện nghi mà làm việc, phải hội đồng thương nghị với nhau, chớ vì cũ mới mà xa nhau.
Khi Tôn Sĩ Nghị kéo 19 vạn quân sang xâm lược, Ngô Văn Sở sáng suốt nghe theo kế hoãn binh của Ngô Thì Nhậm, kéo quân vào đóng giữ từ Tam Điệp để bảo toàn lực lượng rồi cử Nguyễn Văn Tuyết về Phú Xuân cấp báo. Trong trận chiến với quân Thanh, Ngô Văn Sở được hoàng đế Quang Trung cử làm tướng tiên phong đem tiền quân tiến về Thăng Long. Sau đại thắng quân Thanh, Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân ở lại Thăng Long, tiếp tục phụ trách 11 trấn Bắc Hà.
Vua Quang Trung mất, vua Quang Toản còn nhỏ, quyền hành nhanh chóng bị rơi vào tay người cậu của vua là Thái sư Bùi Đắc Tuyên. Kể từ đó, triều đình Tây Sơn sinh ra lục đục. Trong một cuộc đấu tranh nội bộ nơi vương triều, Đại đô đốc Võ Văn Dũng đã sai quân bắt cha con Bùi Đắc Tuyên hạ ngục. Cho rằng Ngô Văn Sở là người cùng phe cánh với Bùi Đắc Tuyên nên Võ Văn Dũng đã làm giả chiếu vua để triệu ông về Phú Xuân. Theo tài liệu của các giáo sĩ phương Tây có mặt tại Phú Xuân lúc bấy giờ: Bùi Đắc Tuyên muốn lật đổ vua Cảnh Thịnh, thanh trừng các công thần Tây Sơn để đưa con mình là Bùi Đắc Trụ lên làm vua.
Năm 1795, dù đã cố can gián nhưng Ngô Văn Sở vẫn không ngăn được vua Quang Toản và Thái sư Bùi Đắc Tuyên hành hình tướng Lê Văn Hưng. Sau đó, Võ Văn Dũng bắt Bùi Đắc Tuyên, Bùi Đắc Trụ và Ngô Văn Sở khép tội mưu phản rồi đem đóng cũi dìm xuống sông Hương. Vua Quang Toản biết Ngô Văn Sở bị oan nhưng cũng bất lực.
Lời bàn:
Cứ theo lời tuyên bố của Bắc Bình vương Nguyễn Huệ trong buổi trao quyền cho Ngô Văn Sở trước khi về lại Phú Xuân cũng đã đủ cho thấy tài năng, trí tuệ và sự tin cậy của cấp trên đối với ông. Và thực tế là dưới quyền cai quản của ông, tình hình các trấn ở miền Bắc ổn định, đi dần vào nền nếp. Ông thi hành nhiều chính sách tích cực, coi trọng văn học, mở khoa thi để thu dụng kẻ sĩ, đặt chức Huấn khoa để xét hỏi kẻ gian trong châu huyện… nên có uy tín lớn đối với nhân dân. Trong sách Tây Sơn Lương tướng ngoại truyện có đoạn chép về Ngô Văn Sở như sau: Ngô Văn Sở làm quan không cầu danh lợi, tiếng tăm, lúc nào cũng muốn tránh quyền thế. Thường ngày, ông yêu kính quân tử mà vẫn giữ lòng thương xót tiểu nhân.
Càng tôn vinh những danh nhân như Ngô Văn Sở, Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng và Bùi Thị Xuân bao nhiêu, chúng ta càng thấy rõ sự vĩ đại của hoàng đế Quang Trung – Nguyễn Huệ. Ông là một lãnh tụ chân chính, một người vun trồng nhân cách thời đại bằng trái tim không ngừng thao thức, bằng trí tuệ đổ mồ hôi và bằng sự xác lập nhân cách của bản thân mình. Trong bàn tay ông, không một giá trị nào bị lãng phí. Đó là lý do vì sao ngay cả sau khi ông không còn nữa, hình bóng ông vẫn sống trong trái tim những người cộng sự, để rồi cùng với sự tỏa sáng nhân cách và khí phách của họ giữa hoàn cảnh ngặt nghèo nhất, giữa sự lựa chọn khắc nghiệt nhất đã làm ông trở thành bất tử. Và điều này xin hậu thế đừng ai quên.