Vua Trần Nhân Tông có một mảng văn chữ Hán mà cho đến nay chưa được công bố và nghiên cứu chưa đầy đủ. Đó là 22 lá thư gửi cho vua quan nhà Nguyên.
Trong số những lá thư này, có những lá còn giữ được nguyên vẹn, có những lá chỉ còn đoạn phiến. Điểm đặc biệt là chúng hầu hết được bảo tồn trong các tư liệu Trung Quốc, chủ yếu là Nguyên sử, Thiên Nam hành ký, Trần Cương Trung thi tập và An Nam chí lược. Phía các sử liệu nước ta hình như không bảo lưu một văn bản nào. Có chăng thì cũng chép lại văn bản từ các tác phẩm vừa nêu.

Đọc những lá thư này, điểm đầu tiên dễ nhận thấy nhất là quan điểm trước sau như một của vua Trần Nhân Tông:
Quan điểm không chịu đầu hàng giặc, không chấp nhận đánh mất chủ quyền quốc gia bằng cách thỏa mãn đòi hỏi của Hốt Tất Liệt, yêu cầu vua phải đích thân vào chầu tại Đại Đô ở Trung Quốc. Hốt Tất Liệt đã dùng nhiều mánh khóe lý luận khác nhau, từ lời dụ dỗ đường mật về quan tước mà y hứa ban cho, cho tới những lời đe dọa dùng vũ lực, và trên thực tế y đã hai lần dùng vũ lực để thực hiện ý đồ của mình, nhưng hoàn toàn thảm bại trước sức chiến đấu ngoan cường của quân và dân Đại Việt dưới sự lãnh đạo của vua Trần Nhân Tông. Không những thế, vua Trần Nhân Tông còn vạch trần bộ mặt giả nhân giả nghĩa của những lý lẽ mà Hốt Tất Liệt đưa ra.
Chẳng hạn, Hốt Tất Liệt khoe khoang rằng y đối đãi rất nồng hậu với những người chịu đến chầu, coi họ như con cái mà y có trách nhiệm thương yêu. Những sứ giả do y cử đến, đều nói lòng thương của y bao la như trời biển phủ khắp mọi nơi. Chúng thường dùng tới câu “Nhất thị đồng nhân”, tức đem lòng nhân từ ra mà thương yêu khắp hết mọi người như nhau cả. Trước những luận điệu ấy, vua Trần Nhân Tông vạch ra rằng, nếu Hốt Tất Liệt có lòng thương như thế, thì tại sao phải bắt vua vào chầu ? Bắt vua vào chầu, lỡ dọc đường chết phơi xương thì thế nào?
Điều đó chắc chắn làm tổn thương đến lòng nhân của hoàng đế thiên triều. Ta sẽ thấy trong các lá thư hai lý luận này thường được nêu ra để trả lời tại sao vua ta không chịu vào chầu Hốt Tất Liệt.
Vua Trần Nhân Tông hiểu rõ hơn bất cứ ai rằng, vào chầu tức đầu hàng giặc, tức đem chủ quyền quốc gia mà trao cho giặc. Cho nên về điểm này nhà vua dứt khoát không có sự nhượng bộ nào. Hốt Tất Liệt tưởng dùng vài ba lá thư có thể khuất phục được ý chí cương quyết bảo vệ chủ quyền quốc gia của vua Trần Nhân Tông. Nhưng y đồng thời cũng biết rằng, vài ba lá thư với lời lẽ dụ dỗ đường mật thế nào đi nữa, cũng không thể khuất phục được ý chí bảo vệ chủ quyền ấy. Cho nên, bên cạnh những lá thư đó, y đã vung sẵn lưỡi gươm qua hai lần liên tiếp xua quân tiến đánh nước ta với đám tướng lĩnh dày dạn kinh nghiệm chiến trường và hàng chục vạn quân binh thuyền bè.
Vậy mà y đã thất bại thảm hại.
Những lá thư viết cho các viên chức nhà Nguyên, mà chủ yếu là viết cho phái bộ Lương Tăng đến nước ta vào năm 1293, cũng thế. Đây là những lá thư vừa mềm mỏng, vừa đanh thép, lên án chính sách giả nhân giả nghĩa vừa nói, vạch trần những âm mưu đen tối nằm đằng sau những lời lẽ có vẻ quang minh chính đại. Một mặt khác, những lá thư này cho thấy thái độ khinh thường của triều đình ta đối với những kẻ đại diện cho thiên triều và thử thách khả năng chịu đựng của chúng. Trong An Nam tức sự của Trần Cương Trung thi tập 2 tờ 34a3-4, Trần Phu đã kể lại việc sứ bộ của y ngay khi đến nước ta đã bị triều đình Đại Việt đưa đi theo những con đường mới phát quang nhằm gây nỗi kinh hoàng cho chúng: “Sứ thần đến nước ấy, lại không đi theo lối cũ, đều phải đục núi mở đường, trèo vượt quanh co, ý là muốn tỏ ra xa hiểm”. Chúng biết thế, mà đành phải ngậm miệng đi theo, không dám đưa ra bất cứ một đòi hỏi nào.
Rồi khi đến Thăng Long, chúng phải qua nhiều lần đấu tranh, chúng mới được đi vào cửa Dương Minh, tức là cửa chính Nam của kinh thành, thay vì phải đi vào cửa Vân Hội hay cửa Nhật Tân mà triều đình ta đề nghị, như Lương Tằng truyện của Nguyên sử 178 tờ 1b3-6 đã ghi: “Tháng giêng năm Chí Nguyên 30 (1293) đến An Nam, Nước đó có 3 cửa. Giữa gọi là Dương Minh, trái gọi là Nhật Tân và phải gọi là Vân Hội. Bồi thần ra đón ngoài thành, sắp do cửa Nhật Tân để đi vào. Tăng rất giận, nói: ‘Đón chiếu không do cửa giữa, thế là ta làm nhục mệnh vua’. Liền trở về sứ quán. Thế rồi, mời mở cửa Vân Hội để đi vào. Tăng lại cho là không thể được. Rồi mới tự cửa Dương Minh đón chiếu vào. Tăng trách Nhật Tôn không tự mình ra đón chiếu”.
Đây có thể nói là những đòn nắn gân phái bộ thiên triều. Đòn nắn gân này trước đó vua Trần Nhân Tông đã cho Sài Thung nếm thử vào năm vua mới lên ngôi (1278), khi vua thiết yến hắn tại hành lang. Hắn tức giận trở về sứ quán. Đến khi vua ta báo sẽ thết tại điện Tập Hiền thì hắn mới đến, như An Nam truyện của Nguyên sử 209, tờ 4a11-12 đã ghi: “Nhật Huyên theo lệ cũ, thết yến ở dưới hành lang. Bọn Thung không chịu đến dự yến. Khi đã trở về sứ quán, Nhật Huyên sai Phạm Minh Tự đưa thư tạ lỗi, đổi thết yến đến điện Tập Hiền”.
Phái bộ Trương Lập Đạo đến nước ta vào năm 1291 cũng nếm thử những đòn này, dù sau đó vua Trần Nhân Tông đã tiếp đãi chúng rất vui vẻ, như chính bản thân Trương Lập Đạo đã ghi nhận trong Trương thượng thư hành lục do tên Việt gian Lê Thực chép lại trong An Nam chí lược 3 tờ 45-47.