Thời kỳ chiến tranh Lê – Mạc, các tập đoàn phong kiến chỉ vì quyền lợi cá nhân và dòng họ của mình mà đẩy trăm họ vào cảnh “nồi da nấu thịt”.
Theo sách “Đại Việt thông sử”, Phạm Quỳnh, Phạm Giao là người được Mạc Kính Điển tin dùng, thấy Lê Bá Ly lập công lớn và cũng được Kính Điển trọng dụng, có thanh thế nên Phạm Quỳnh và Phạm Giao đem lòng ghen tỵ, dèm pha để Mạc Kính Điển khỏi tin dùng Lê Bá Ly. Song, vốn là người trung nghĩa nên Mạc Kính Điển không tin lời dèm pha của Phạm Quỳnh và Phạm Giao. Thấy vậy, Phạm Quỳnh, Phạm Giao lại đem ý gièm pha với Mạc Tuyên Tông. Mạc Tuyên Tông còn nhỏ tuổi chưa thông chính sự nên đã vội tin theo lời cha con Phạm Quỳnh.
Ngày 12, tháng 2 năm 1551, Phạm Quỳnh, Phạm Giao tự ý đem quân vây đánh Lê Bá Ly nhưng bị Lê Bá Ly liên kết với thông gia Nguyễn Thiến đánh bại. Mạc Phúc Nguyên bèn cho quân tiếp ứng đánh Lê Bá Ly. Lê Bá Ly một mặt cho quân kháng cự với nhà vua song một mặt dâng sớ tâu lên nhà vua là không giám có sự mưu phản, song Mạc Phúc Nguyên không tin. Vì vậy, Lê Bá Ly tức giận và đã cùng gia đình Nguyễn Thiến đem quân về Thanh Hoa đầu hàng Lê Trung Tông. Lê Trung Tông vui mừng liền phong Lê Bá Ly tước Phụng Quốc công. Vì thế, nhà Mạc bị mất một lúc nhiều tướng giỏi là cha con Lê Bá Ly – Lê Khắc Thận, cha con Nguyễn Thiến – Nguyễn Quyện, Nguyễn Miễn.
Có thêm binh lực từ đội quân của nhà Mạc ra hàng, tháng 5 năm 1552, Lê Trung Tông sai Thái sư Trịnh Kiểm xuất quân đánh Mạc Phúc Nguyên, Mạc Phúc Nguyên phải bỏ Kinh thành rút về Kim Thành. Lê Bá Ly thấy thế của Phúc Nguyên đã giảm dâng sớ xin đón Lê Trung Tông về Đông Đô, nhưng Trịnh Kiểm lượng sức thấy chưa thể thắng nổi Mạc Phúc Nguyên nên không thuận theo Lê Bá Ly.
Tuy thắng được trận này nhưng Lê Trung Tông vẫn cho lui binh về Thanh Hoa. Sau đó, Mạc Phúc Nguyên chiếm lại Đông Đô nhưng vẫn đóng ở Bồ Đề và sai Mạc Kính Điển đóng ở Yên Mô, còn những tướng khác trấn giữ các trấn: Sơn Nam, Sơn Tây. Mạc Phúc Nguyên xuống chiếu cấm các quan quân ở mọi vùng không được nhiễu dân nên trên dưới vẫn yên, kỷ cương lại đúng đắn. Thấy cõi bờ đã yên, năm 1555 Mạc Phúc Nguyên lại sai Mạc Kính Điển đem quân vào Thanh Hoa tiếp tục đánh Lê Trung Tông nhưng không thắng lại rút quân về.
Năm 1556, Lê Trung Tông chết, Thái sư Trịnh Kiểm đưa Lê Anh Tông lên ngôi. Năm 1557, Mạc Phúc Nguyên lại sai Mạc Kính Điển kéo quân vào đánh Thanh Hoa, năm này Lê Bá Ly ốm chết, Thiệu Quốc công Nguyễn Thiến cũng chết, con trai là Nguyễn Quyện, Nguyễn Miễn đem quân về hàng Mạc. Mạc Tuyên Tông phong tước hầu cho anh em Nguyễn Quyên và sai đi đánh Lê Anh Tông.
Từ khi Lê Anh Tông lên ngôi, Trịnh Kiểm liên tiếp xuất quân chống lại nhà Mạc suốt từ 1557-1564. Khi này Mạc Phúc Nguyên uy thế có yếu hơn so với thế lực Lê – Trịnh, quân Lê – Trịnh đã chiếm lại được nhiều vùng của nhà Mạc song vẫn chưa dám vào kinh đô vì nhà Mạc có giảm về thế và lực song chưa đến mức chỉ bị động đối phó mà nhiều phen Mạc Kính Điển xuất quân đánh vào tận Thanh Hoa, có trận Mạc Phúc Nguyên thân chính đốc xuất binh mã và nhiều trận thắng lớn.
Trong khi chưa phân thắng bại thì tháng 12 năm 1561, Mạc Phúc Nguyên bị bệnh đậu mùa và qua đời, không rõ bao nhiêu tuổi. Ông được truy tôn là Tuyên Tông Duệ hoàng đế. Mạc Phúc Nguyên ở ngôi được 15 năm, sinh được người con trai duy nhất là Mạc Mậu Hợp. Khi ông mất, Mạc Mậu Hợp mới lên 2 tuổi lên ngôi, lúc này triều chính vẫn do Mạc Kính Điển và Mạc Đôn Nhượng phụ tá. Mạc Mậu Hợp lên ngôi lấy niên hiệu là Thuần Phúc thứ nhất.
Lời bàn về thời kỳ chiến tranh Lê – Mạc
Theo Khâm định Việt sử thông giám cương mục, Lê Bá Ly người làng Cổ Phạm, huyện Đông Sơn, Thanh Hóa. Ông tham gia cuộc chiến tranh Lê – Mạc và lần lượt phục vụ cho cả 2 phe trong cuộc chiến này. Lê Bá Ly là quan võ dưới thời Lê sơ. Khi nhà Mạc thay nhà Lê -1527, ông tiếp tục phục vụ cho nhà Mạc và được phong tước Phụng quốc công. Năm 1546, Mạc Hiến Tông qua đời, con là Mạc Phúc Nguyên còn nhỏ lên thay, tức là Mạc Tuyên Tông. Chú của Mạc Tuyên Tông là Khiêm vương Mạc Kính Điển làm phụ chính. Tướng Phạm Tử Nghi muốn lập con thứ là Mạc Thái Tổ là Hoằng vương Mạc Chính Trung đã trưởng thành, nhưng không được nên cùng Mạc Chính Trung nổi loạn.
Nhờ lực lượng hùng mạnh, Mạc Kính Điển và Lê Bá Ly đánh thắng được Phạm Tử Nghi. Phạm Tử Nghi phải mang chạy ra chiếm giữ An Quảng, còn Mạc Chính Trung và Mạc Văn Minh, Mạc Phúc Sơn chạy sang Trung Quốc và chết trên đất khách quê người. Từ nội dung của giai thoại trên cho ta thấy, các tập đoàn phong kiến ngày xưa chỉ vì quyền lợi cá nhân và dòng họ của mình mà đẩy trăm họ vào cảnh “nồi da nấu thịt”. Thế mới hay rằng, không phải chỉ đến ngày nay, mà từ ngày xưa đã này sinh lợi ích dòng họ, lợi ích nhóm. Và vấn đề đặt ra ở đây là không để cho tư tưởng này có cơ hội tồn tại trong cuộc sống ngày nay là trách nhiệm của hậu thế.