Đêm ngày 5 rạng sáng ngày 6 tháng 7 năm 1885, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết, vì thấy người Pháp khinh mạn vua mình nên quyết định tấn công trại binh của Pháp ở đồn Mang Cá. Đến sáng thì quân Pháp phản công, quân triều Nguyễn thua chạy, rời bỏ kinh thành Huế. Tôn Thất Thuyết vào cung báo lại việc giao chiến trong đêm và mời vua Hàm Nghi cùng tam cung lên đường. Nghe chuyện phải rời khỏi thành, vua Hàm Nghi đã thảng thốt nói:
– Ta có đánh nhau với ai mô mà phải chạy.
Sau đó, Nguyễn Văn Tường cho người rước vua Hàm Nghi tới thành Quảng Trị để lánh nạn. Chiều ngày 6 tháng 7 thì cả đoàn tới Quảng Trị. Nhưng sau đó ông lại ra trình diện quân Pháp. Tướng De Courcy hẹn Nguyễn Văn Tường hai tháng phải tìm cách để rước vua về. Nguyễn Văn Tường viết sớ ra Quảng Trị xin rước vua về nhưng Tôn Thất Thuyết cản thư không cho vua biết. Hết hạn hai tháng, cả gia đình Nguyễn Văn Tường bị De Courcy đày ra Côn Đảo, sau đó đưa tới đảo Tahiti ở Thái Bình Dương. Ngày 9 tháng 7, dưới áp lực của Tôn Thất Thuyết, vua Hàm Nghi từ biệt tam cung, lên đường đi Tân Sở.
Vua Hàm Nghi chịu nhiều khổ ải vì phải luồn lách giữa núi rừng hiểm trở, thời tiết khắc nghiệt, giữa muôn vàn thiếu thốn, bệnh tật, đói khát và tính mạng bị đe dọa. Tại Tân Sở, vua Hàm Nghi tuyên hịch Cần Vương kêu gọi sĩ phu và dân chúng nổi dậy chống Pháp giành độc lập. Sự ủng hộ, che chở giúp đỡ và tham gia nhiệt tình của đồng bào các địa phương từ Quảng Trị qua tới đất Lào cũng như trong vùng Hà Tĩnh, Quảng Bình đã cho Hàm Nghi thấy được vai trò của mình nên không còn cảm thấy bị cưỡng ép như trước. Tên của ông đã trở thành ngọn cờ của nền độc lập quốc gia… Từ Bắc chí Nam, đâu đâu dân chúng cũng nổi lên theo lời gọi của ông.
Trong suốt thời gian kháng chiến của vua Hàm Nghi, vua anh Đồng Khánh và 3 thái hậu liên tục gửi thư kêu gọi vua trở về nhưng ông khẳng khái từ chối. Toàn quyền Pháp ở Đông Dương là Paul Bert cũng đã định lập Hàm Nghi làm vua 4 tỉnh Thanh Nghệ Tĩnh Bình nhưng không thành. Nhà vua thường nói mình ưa chết trong rừng hơn về làm vua trong vòng cương tỏa của người khác. Tại căn cứ địa lãnh đạo phong trào Cần Vương, vua Hàm Nghi được Tôn Thất Đàm, Tôn Thất Tiệp (con Tôn Thất Thuyết) hộ giá cùng đề đốc Lê Trực, Nguyễn Phạm Tuân chia nhau phòng thủ và tấn công lực lượng Pháp trong vùng.
Tháng 9/1888, suất đội Nguyễn Đình Tình phản bội ra đầu thú với Pháp tại đồn Đồng Cá. Nguyễn Đình Tình lại dụ được Trương Quang Ngọc về đầu thú. Sau đó, Nguyễn Đình Tình và Trương Quang Ngọc tình nguyện cùng Pháp đem quân đi vây bắt vua. Khuya ngày 26/9/1888, vua Hàm Nghi bị bắt khi đang ngủ, Tôn Thất Tiệp bị đâm chết. Khi bị bắt nhà vua đã chỉ thẳng mặt Trương Quang Ngọc nói rằng: Mi giết ta đi còn hơn là mi mang ta ra nộp cho Tây.
Chiều ngày 14 tháng 11 năm 1888, quân Pháp tổ chức chào đón vua rất long trọng nhưng vua tỏ ra không hiểu, không nhận mình là Hàm Nghi. Viên trung úy chỉ huy quân đội Bonnefoy đã chuyển bức thư của Tôn Thất Đàm gửi vua Hàm Nghi xem nhưng vua ném lá thư xuống bàn và làm như không có can hệ gì. Viên Đề đốc Thanh Thủy là Nguyễn Hữu Viết được Pháp cử tới để thăm hỏi và nhận mặt thì nhà vua giả như không hay biết. Nhưng khi người Pháp đem thầy học cũ là Nguyễn Nhuận đến xem thì nhà vua vô tình đứng dậy vái chào. Đến lúc đó thì người Pháp mới yên trí đó là vua Hàm Nghi.
Lời bàn:
Sau khi vua Tự Đức qua đời vào tháng 7 năm 1883, mặc dù các phụ chính đại thần là Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết nắm trọn quyền hành trong việc phế bỏ vua này, truất ngôi vua khác, lập vua kia lên ngôi nhưng họ lại rất bị động trong việc tìm người trong hoàng gia có cùng chí hướng để đưa lên ngai vàng. Và vua Hàm Nghi được làm hoàng đế trong hoàn cảnh ấy. Ông là vua thứ 8 của nhà Nguyễn – vương triều phong kiến cuối cùng trong lịch sử Việt Nam. Mặc dù lên ngôi giữa lúc triều đình thối nát và quần thần nhu nhược, song mới 13 tuổi vua Hàm Nghi đã thể hiện rõ tinh thần yêu nước khi kiên quyết không hợp tác với thực dân Pháp để rồi bị buộc phải sống cuộc đời lưu đày trên đất khách quê người với rất nhiều khổ ải.
Trong những năm tháng sống lưu vong, vua Hàm Nghi vẫn luôn thể hiện tinh thần dân tộc, từ những điều rất nhỏ trong cuộc sống thường ngày đến việc truyền dạy tinh thần ấy cho những người con. Tuy nhiên, điều đọng lại với hậu thế ngày nay từ giai thoại này là yêu nước, thương dân không chỉ trong tư tưởng, mà phải bằng việc làm cụ thể vì lợi ích của cả dân tộc, chứ không phải vì con, vì cháu của gia đình mình.